Bazı sebeplerden dolayı kökün iltihabı sadece kanal tedavisi ile iyileşmeyebilir. Bunun sebepleri arasında:
• Çok büyük kistik oluşumlar
• Kökün ucuna kırılmış kırık bir kanal aleti
• Perforasyonlar (kökün yanlışlıkla delinmesi)
• Daha önceki kanal tedavisi sırasında kökün dışına taşmış kanal dolgu maddeleri olabilir.
Bu tür durumlarda kanal tedavisinden sonra cerrahi bir müdahele ile kökün ucundaki iltihap temizlenir, kök ucu özel bir dolgu malzemesiyle doldurulur.